Problemas al cambiar el color de RGB a CMYK

Si bien se puede corregir en Acrobat, lo ideal es que uses los colores CMYK correctos en el archivo, asi te evitarás sorpresas.

Lo bueno de usar "Convertir a destino" es que ves el resultado en el PDF, no después de impreso.

Le di a “convertir a destino” y las letras que estaban en RGB en Indesign se quedaron en el PDF de impresión de diferente color, no están tan oscuras como las demás. O sea, que al imprimir no se quedarán bien

Si quieres que InDesign convierta a CMYK , elige "convertir a destino" en la opcion "Conversión de color".
Si quieres que lo haga Acrobat o el RIP dejalo como está, pero no verás los valores CMYK ni sabrás si la conversión de colores fue correcta o la que esperabas. Tambien recuerda que el negro RGB saldrá como 4 tintas, no como negro CMYK a menos que haga una conversión correcta.

Las imágenes están en CMYK, son partes del texto las que están en RGB. ¿Tendría que cambiar algo en la imagen?

Por otra parte, el mensaje solo es importante si tienes imágenes en RGB. Se supone que las imágenes ya deberían venir en CMYK, con su perfil de color correspondiente incrustado.

Te lo digo de otra manera: no uses "impresion de alta calidad". Si es para imprimir en CMYK, usa PDF/X-4 entre los preestablecidos.
El mensaje se refiere a no estas utilizando los valores estandar, por ejemplo, usas sRGB en lugar de AdobeRGB, vaya uno a saber por qué. La configuracion "Preimpresión en Europa 3" funciona bien en la mayoría de los casos.

Seguramente ya habras notado que abajo al centro tienes una alerta en rojo diciendo que hay siete errores. Quiza ahi te brinde la informacion que necesites.
Lo que deberías revisar es la configuracion al crear el PDF. Puedes probar con un PDF/X-4 que por otra parte es lo aconsejable.