De HTML a Joomla...

Hola! Actualmente tengo un proyecto web entre manos, en este caso tiene que ser utilizando Joomla y programando una plantilla personalizada, lo he utilizado otras veces para proyectos pequeños pero en este caso es más extenso y requiere diferente distribución de los contenidos dentro de la página dependiendo de la sección.
Mi pregunta es si debería programar plantillas independientes para cada sección (cada una en su carpeta templates/nombre plantilla/índex.php....e instalarlas y después asignarlas a cada ítem del menú o si por el contrario se pueden crear dentro de una sola carpeta de plantilla varios archivos.php de cada sección y asignarlos también a cada ítem del menú...
No se sí me he explicado con claridad....
Espero vuestra ayuda y gracias por vuestro tiempo.