Menú web solapado por navegador

Hola!! Lo primero "Feliz año!!!" a todos

Tengo una duda, cuando centro las webs lo que hago es crearme una capa, darle un tamaño y margenes arriba y a la derecha.
He comprobado una de mis web en un navegador que tiene en la parte superior menus de yahoo y google(ya sabeis los tipicos buscadores que se te añaden) y veo que me está solapando la parte superior donde tengo el menu y no puedo acceder a ningun apartado de la web. He estado pensando y lo unico que se me ocurre es que la web al tener el tamaño justo del monitor, la capa se quede en la parte superior y por ello se solapa por el menu.

No se si mi forma de centrar la web no es la correcta o si debo de cambiar algun dato de dicha capa.

Espero que alguien me pueda ayudar. Si teneis alguna duda no tengais miedo de preguntar. Saludos!!!!