Errores CSS en IE

Crea un Css, solo para internet explorer, ( ie.css ) y ajusta ahi otra vez los margenes hasta que se vea bien.

Las versiones antiguas de IE tiene un bug con los márgenes pero el IE7 no debería darte es tipo de problemas salvo que el DOCTYPE que has puesto esté mal y te muestre la páginas en modo "Quirks". Échale un vistacillo al DOCTYPE antes de nada por si acaso.

En tu hoja de estilos puedes hacer lo siguiente:

Añadiendo un punto o un guion bajo delante de una propiedad cada navegador lo interpretara diferente.

<style>
loquesea{
margin-left: 5px; /* Margen izquierdo para todos los navegadores */
.margin-left: 7px; /* Margen izquierdo de 7px para IE6 y IE7, los demás navegadores todavía seguirán manteniendo el margen de 5px inicial */
_margin-left: 6px; /* Sólo IE6 leerá y entenderá este estilo y aplicará el valor */
}
</style>

Si nos posteas el link de la web podemos ayudarte más, luego si quieres cumplir estándares y seguir el espíritu de usar un mismo archivo para varios navegadores te recomendaría usar esto

* html selectorCSS { propiedad: valor;} IE6
*:first-child+ html selectorCSS { propiedad: valor;} IE7

así puedes crear reglas independientes para los navegadores, de todas formas, lo suyo es ver porque hace eso de los márgenes e intentar arreglarlo, esto es un poco chapucero.

Un saludo!