Fontographer OTF / PS vía Fontlab Studio

Buenas a todos. De nuevo por aquí.... Quisera saber si alguien sabe que me puede ocurrir... cuento...
Estoy creando una tipo script, con fontographer5, ya que me resulta más fácil dibujar en este programa que en otros, estoy creándolo con alternativas dentro del mismo archivo, renombrando los glifos, además de incluir ligaduras especiales. Como es una script los glifos van enlazados unos con otros, tengo el kerning hecho y guardado en su archivo (.keq) y creado el archivo (.fea) relativo a las fuentes otf/ps. Fontographer5, me dá error al intentar crear una fuente incluyendo el .fea, así que exporto a un archivo de studio, abro studio, me crea bien la fuente con sus alternativas y ligaduras, lo pruebo con Indesign, y el texto tiene alternativas y ligaduras, pero el kerning es completamente distinto en la mayoría de glifos. En el previsualizador de fuentes de Windos, la fuente se ve bien el kerning. Si alguien me puede ayudar lo agradecería, ¿que hago mal?