InDesign

Ok. Gracias.

el tipo de PDF no varia, lo que puede variar es la lineatura de salida (la cifra de lineas por pulgada), el tipo de punto (se suele usar punto redondo en lugar de eliptico o cuadrado) y eventualmente requiere menos resolucion de las imagenes, entre otras cosas, pero el resto es lo mismo.

Xevi, tus intervenciones son siempre valiosas, todo hay que decirlo.
Una duda: ¿y para flexigrafía, que puede que me salga algo de eso, qué PDF recomendarías?

Seguramente si aparecen otras tintas, es porque estan en el documento. Asegurate de usar solo los colores que necesitas y eliminar los que no deben salir. Si tienes un mapa de bits en CMYK quiza te envie la informacion de los cuatro canales aunque esten en blanco, aunque lo normal seria que solo te envie el que este en uso. En todo caso, puedes editar la imagen con Photoshop y eliminar la informacion de los canales que no se usen (ojo, me refiero a dejar los canales en blanco, no a eliminar los canales). Con todo, si el archivo tiene solo los canales necesarios, al imprimir se pueden elegir solo los canales que se necesitan

Tomo buena nota de vuestras correcciones, he aprendido a trabajar así y veo que estaba muy equivocado :S

No!!!

Las versiones más actuales de los estándares PDF/X no son mejores que las anteriores, son para propósitos distintos !!!

PDF/X-1 es la major opción para trabajos que van a ser impresos en máquinas offset tradicionales.

PDF/X-3 es la mejor opción para impresión digital.

Spoonman, cuando dices “en lugar de crearme las 2 planchas del negro y el pantone me manda todas las demás (C, M, y Y)” ¿te refirieres a que sale contenido en esas páginas, o que simplemente te salen en blanco?
La explicación que te daría sería diferente en función de tu repuesta, y en cualquier caso, se necesitan mas datos, como la forma en la que estás generando los pdf , y el contenido de los mismos (transparencias, efectos, etc...).

Un último consejo, cambia el título por algo más descriptivo.

Brian, para este tipo de trabajo (si bien son válidos) no creo que necesite un PDF/X-4, ni un PDF/X-3 porque las ventajas que ofrecen son para otro tipo de cosas que no va a aprovechar. Ni hablar del PDF/X-2 que son para un fin muy especifico.
Con un simple PDF/X-1a le sobra, le va a dar muchos menos problemas y es mas estándar. Lo que hay que saber es si lo está generando correctamente.

Haz el PDF en la versión más actual que tu (valga la redundancia) versión de InDesign te permita. Esto es, si te permite PDF/X-4, utiliza ese. Si no, PDF/X-3, si no, PDF/X-2... Por otro lado, si sólo quieres dos colores, en la paleta de muestras selecciona los colores no usados (por defecto te aparecen siempre unas cinco tintas en modo CMYK) y elimínalos. Deja sólo el negro (que no podrás eliminar) y tu Pantone (que debe de aparecer como tinta directa, no composición CMYK). De esa forma, luego en Acrobat, verás que sólo te aparecen esas dos planchas. Si sólo tienes aplicados esas dos tintas, pero en la paleta de muestras tienen algún color CMYK, en las previsualización de salida de Acrobat te aparecerán 5 planchas: las cuatro de CMYK y tu Pantone.