Crear CD/DVD interactivo multiplataforma

Hola.

Estoy haciendo una aplicación interactiva y tengo 2 archivos ejecutables (uno para Windows y otro para MacOSX) que tengo que grabar en un CD (quizás DVD). Me parece recordar que existía una manera de grabarlos por separado en 2 particiones para que cada sistema solo viera sus propios archivos, pero he buscado y requetebuscado por internet y no encuentro nada al respecto.

También estaba investigando como hacerlos autoejecutables y, por lo que se, solo se puede en Windows ¿verdad?

Gracias por la ayuda.