¿Cómo organizar muchos elementos - intranet?

Hola a todos

Estoy haciendo el rediseño para una intranet en una empresa

Inicialmente en el diseño tenían 32 accesos director a las sección de la intranet (todos importantes), estos accesos estaba en un html diagramado en 4 columnas y 8 filas, (unas bolas grandes, todas iguales) sin una jerarquía visual.

Rediseñe el sitio tipo portal pero tengo varias problemas

http://www.flickr.com/photo_zoom.gne?id=472507133&size=o

1. En el menú superior hay 14 secciones, es lo mínimo que pude simplificarlo porque casi que cada sección están gestionada por un área de trabajo, si se baja de nivel pues hay el problema de que la gente pelee por que su sección no esta en primer nivel.

2. la ideas es agrupa, pero no encontré otra manera si herir susceptibilidades por los departamento de la empresa.

Escucho todas la sugerencias para ver otras modos de organización de elementos complejos para la web (link ideas etc)