Expotar animación del After Effects para editar en Final Cut

Buenos días,
Tengo un problema que se repite cada vez que exporto una animación realizada en After Effects Cs6 para insertarla en un vídeo editado en Final Cut Pro.
El caso es que la animación se ve perfectamente cuando la exporto con transparencia del After Effects en calidad máxima en el formato "Animation"(las líneas y los bordes de las letras se ven fluidas).
Pero al pasarlo al Final Cut Pro y ponerla sobre un vídeo es como si si estuviera entrelazado, los bordes no se ven definidos (como pixelados) y los colores, especialmente los más saturados, no los soporta y se ven fatal. En Final Cut utilizo el codec Apple Intermediate Codec.
No sé si hay alguna manera de exportar en After Effects que se me escapa o cuál puede ser el problema. Lo más que he conseguido es poner un filtro de desentrelazado en el Final pero se pierde mucha calidad y es una pena que las animaciones y rótulos no tengan la calidad que deberían.

Agradezco cualquier consejo o prueba que se os ocurra.
¡Muchas gracias!