Problemas con los permisos subiendo archivos

Buenas, no se si esta es la seccion adecuada para esta pregunta, pero ahi va mi consulta:

ayer subiendo una actualización de una pg web me encontré con que varios de los archivos habian subido mal. Como pude comprobar que si que habian subido, es decir, estaban en el servidor, opté, tras varios intentos infructuosos, por borrar toda la página y subirla de nuevo. Ante eso, dejó de funcionar.

Soy usuario de mac. Hasta entonces había subido por ftp mediante el transmit 3.5.6, pero me caducó y, al indicarme que solo me dejaba funcionar en modo demo por el espacio de 10 minutos de transferencia, había bajado el Cybercuck. Fue con el cyberduck con el que tuve problemas, asi que opté de nuevo por utilizar el transmit, por mi esos 10 minutos eran suficientes, que lo fueron. entonces conseguí que la pg index y alguna otra funcionaran, mientras que en otras me aparecía ERROR 403, forbidden. Con el cyberduck lo que me ocurría es que estaban todas las pgs pero sin encontrar imagenes, estilos, y ahora no tenia permiso a entrar casi en ninguna

Ya me han solucionado el problema los proovedores (en este caso es sarenet), pero me han dicho que he cambiado algun permiso, dejando solo entrar al administrador. Realmente no hice nada distinto a otras veces, salvo utilizar otro programa de ftp, y al final utilicé el de siempre. ¿qué ha podido ocurrir? porque me puede pasar mas veces en futuras actualizaciones, y auqnue me han solucionado el problema, no han sabido decirme por qué ha ocurrido

Ya siento la chapa, pero prefiero explicarlo todo bien.

Gracias!