Insertar AVI en Flash

¿POr qué no lo pasas a FLV? Si quieres le puedes agregar "media componentes" para que quien lo vea controle su reproducción.

Lo he pasado a FLV pero me sigue pasando lo mismo. Sin embargo abro otro documento de flash y lo inserto y se reproduce perfectamente. Estoy volviendome loco, porque en el archivo que realmente lo necesito no tengo nada raro.

Hola, prueba a hacer lo siguiente:
abre un nuevo documento flash, importar video y en la segunda ventana que te sale dile que "descargar progresiva desde un servidor web..." en vez de "incorporar en la linea de tiempo...".
siguiente, siguiente....
al final guarda el .fla.
el archivo .fla contendrá el flvplayback que carga al flv que te crea al hacer este proceso.
de este modo no vas a tener desincronización ya que el video (flv) lo carga el flvplayback y no depende del timeline ni fps de tu archivo flash.

saludos.

Estoy haciendo una presentacion multimedia en flash y quería meter un video.avi. El problema es que si lo incorporo en la línea de tiempo como dura 20 min se desincroniza. Y si lo importo como descarga progresiva de video en el proyecto.fla se visualiza pero al exportar y crear un .exe no aparece.

No creo que tengas que usar .flv para usar videos en una presentación multimedia, es un archivo que se usa para la optimización del video y su visualización en Web y si no me confundo debes tener un server que los pueda correr.
Puedes usar cualquier tipo de video en la línea de tiempo y debes ponerle en la misma línea de tiempo que sea Stream en Sincronizado (Sync)
Espero sirva. saludos.