Líneas de un PDF

depende a que tipo de lineas te refieras. Por ejemplo, si es una linea vectorial, necesitarias un plugin como Pitstop para poder seleccionarla y eliminar. Abrir el PDF en un programa vectorial como Illustrator o CorelDRAW implica un riesgo ya que el programa lo reinterpreta y puede cambiar algo.
Si es parte de una imagen, en herramientas eliges edicion de texto e imagen, seleccionas la imagen y eliges "editar con photoshop".
Pero podria ser que las lineas sean solo de viasualizacion. Si es un PDF/X-3 o tiene compatibilidad con una version antigua de Acrobat,las imagenes se dividen en trozos pequeños y los objetos con transparencia se ven con una delgada línea blanca en el borde. Dado que es solo visualizacion, no puedes borrarla en ese caso