Consulta sobre Font Navigator

Hola, como muchos de ustedes utilizo el fonto navigator para gestionar fuentes en pc. Una de las utilidades que me resulta interesante es la posibilidad de generar carpetas de clasificación de fuentes, pero encuentro ahí un problema que no sé como se soluciona. Cuando necesito hacer un backup para formatear el disco y reinstalar el sistema (cosa que hago una vez al año aproximadamente, cuando actualizo el hard) y que al volver a instalar el programa recupere esas carpetas, claro que decir reinstalar es una forma de verlo, porque justamente el programa no se instala, sino que simplemente se ejecuta.
Alguien sabe como funciona eso?