Tienda Virtual y la mejor forma de usar una base de datos

Hola chicos.

Tengo una tienda virtual en php, cada 30 minutos se actualizan diversas tablas, se borra la tabla y se inserta unos 1000 registro.

¿Merece la pena tener 2 bd?

De esta forma mientras que se actualiza una, la otra está visible para los usuario; cuando se termina de actualizar, se cambia en nombre de la bd en al aplicación de php para así leer los nuevos datos.

¿O no no se notará el posible retardo de la actualización?

ejemplo:

Mientras que se actualiza mi_bd1 el archivo de mi aplicación que dice el usuario, nombre de la bd y contraseña está apuntando a mi_bd2 y cuando actualiza mi_bd2 apunta a mi_bd1.

¿Cómo lo veis?