Tabindex manual/automático

Pues eso, en qué casos uáis un tabindex manual y en cuáles automático, me explico, tengo un sitio donde el contenido principal es dinámico y donde puede haber enlaces dentro de ese contenido. Yo quiero que el tabindex pase por el menu principal primero, luego contenido, luego una barra lateral y luego por el pie.

Si quiero hacer esto ¿qué he de generar backend el índice del tabindex con un contador?, pero no lo veo muy claro...

Para un dobleA ¿han de llevar tabindex (escrito en el marcado,no automático) todos los enlaces?

Gracias.
Diego