Software para cortar vídeos en .flv

Hola a todos.
Estoy realizando un proyecto que consta de más 10.000 videos pequeños, los edito en premiere y exporto en un solo video paquetes de 50. El problema, es que después de esto los cortabamos con "aimersoft video cutter", un programa muy sencillito, pero que nos cambia los codecs, y los kbps.

Me podeis decir algún programa que mecanice un poco el proceso? si tengo que exportar cada video por separado me cortaré las venas!

Muchas gracias, y espero haberme explicado bien.