Settings para exportar vídeo con canal alfa para Flash

EStoy trabajando con unos videos grabados con croma y quiero exportarlos desde after para usarlos en flash de modo que me guarde el canal alfa y no consigo dar con los settings correctos...compresor, codec y esas cosas.

Quiero exportarlo como .mov, alguien me puede echar una mano?, cualquier comentario, truco o experiencia propia me servirá de ayuda, muchas gracias.